Keragaman model sistem kenegaraan yang dimiliki oleh kerajaan‐kerajaan klasik di Nusantara menunjukan keragaman konsepsi masyarakat Indonesia terkait konsep keteraturan dan kekuasaan. Dalam makalah ini kita menganalisa struktur pemerintahan kerajaan di Nusantara yang dimodelkan sebagai weighted undirected network antar posisi dalam struktur birokrasinya. Karakteristik network terkait properti topologi dan dinamika yang melandasi proses pembentukannya dapat ditunjukan secara kualitatif dalam bentuk distribusi spektrum normalized laplacian graph dari network. Lebih jauh, dengan menggunakan Jensen‐Shannon Divergence, kita mengukur jarak struktural antar struktur birokrasi berdasarkan jarak antar distribusi spektrumnya. Dengan pendekatan ini, kita dapat mengkonstruksi taksonomi hirarki dari sejumlah kerajaan klasik di Nusantara yang sekaligus menunjukan adanya pengelompokan evolusioner dari struktur birokrasinya. Sangat menarik ketika taksonomi kerajaan yang ditunjukan dalam makalah ini cukup sesuai dan mampu menjelaskan dengan sejumlah aspek historis dari kerajaan‐kerajaan tersebut. Lebih jauh, dari pohon relasi evolusioner yang terbentuk juga menunjukan bahwa kerajaan‐kerajaan tersebut tidak hanya memiliki model struktur birokrasi yang beragam tetapi juga berkembang dalam jalur evolusi yang beragam. Ini mengindikasikan ragam model pemerintahan yang dianut oleh kerajaan‐kerajaan yang pernah berdiri di Nusantara. Ke depannya, dengan penambahan jumlah data yang dianalisa, hal ini ini dapat diarahkan pada upaya pengklasifikasian model pemerintahan berdasarkan kategorisasi yang muncul secara bottom up dari sistem itu sendiri.